Ten kurs stanowi wprowadzenie do tematyki związanej z analizą danych RNA-Seq. Pozwala on na zapoznanie się z najważniejszemu krokami analizy, powszechnie stosowanymi potokami analitycznymi i możliwymi zastosowaniami. W trakcie kursu poruszone zostaną zagadnienia kontroli jakości danych, składania transkryptomu ab initio oraz de novo, szacowania ekspresji genów i analizy różnicowej.

Tematyka

• Krótkie wprowadzanie do wysokoprzepustowego sekwencjonowania genomów i transkryptomów.
• Kontrola jakości danych.
• Mapowanie odczytów, obliczanie poziomu ekspresji genów i tranksryptów.
• Analiza ekspresji różnicowej wraz z tworzeniem wykresów diagnostycznych.
• Składanie transkryptomu de novo (niezależne od genomu).
• Składanie transkryptomu ab initio (z mapowaniem odczytów do genomu).
• Adnotacja transkryptomów

Dla kogo przeznaczony jest ten kurs?

Ten wprowadzający kurs skierowany jest do każdego, kto chce się dowiedzieć jak radzić sobie z zestawami wielkoskalowych danych RNA-Seq i poszerzać wiedzę o istotnych biologicznych aspektach tego zagadnienia. Kurs jest przygotowany pod kątem osób prowadzących badania w dziedzinach biotechnologii, biologii molekularnej, bioinformatyki i innych nauk biologicznych.

Oczekiwane Efekty

Po ukończeniu kursu uczestnicy powinni posiadać wiedzę o źródłach danych RNA-Seq, formatach danych, być w stanie wykonać analizę jakości tych danych, mapowanie do sekwencji referencyjnej, ocenę wartości ekspresji genów/trankskryptów i wykonać analizę ekspresji różnicowej włącznie z interpretacją otrzymanych wyników. Uczestnicy posiądą również wiedzę o metodach składania transkryptomów i będą w stanie wykorzystać poznane potoki analityczne we własnych projektach. Duża uwaga zwrócona będzie na wizualizację danych, tworzenie wykresów, interpretację wyników i radzenie sobie z często spotykanymi problemami podczas analizy.

Tak, Ty też możesz wziąć udział!

Doświadczenie programistyczne nie jest wymagane do wzięcia udziału w szkoleniu. Posiadanie wiedzy o analizie danych NGS nie jest konieczne, jest jednak zalecane by uczestnicy posiadali podstawową wiedzę z zakresu biologii molekularnej, to znaczy rozumieli pojęcia splicing, izoformy, transkryptom, ekspresja genów itp.

Informacje Organizacyjne

Kurs odbędzie się w formie webinarium. Wymagane jest posiadanie komputera z systemem Windows, Linux lub Mac OS posiadającego dostęp do internetu. Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.