Szkolenie stanowi wprowadzenie do tematyki związanej z analizą danych ChIP-seq oraz ChIP-exo, czyli wysokoprzepustowymi metodami badania interakcji białek z DNA. Kurs pozwala na zapoznanie się z najważniejszymi krokami analizy, powszechnie stosowanymi potokami analitycznymi i możliwymi zastosowaniami.

Tematyka

• Wprowadzenie do systemu Linux.
• Bazy danych.
• Detekcja miejsc występowania wiązań Białko-DNA z wykorzystaniem ChIP-Seq.
• Wyszukiwanie motywów sekwencji w miejscach wiązania białek z DNA.
• Wizualizacja danych (IGV).
• Analiza stanu chromatyny: modyfikacje histonów.
• Zwiększenie dokładności detekcji miejsc występowania wiązań Białko-DNA przy pomocy techniki ChIP-exo.
• Projekt - efektywna praca z plikami w formatach powszechnie używanych w pracy z danymi ChIP-Seq.

Dla kogo przeznaczony jest ten kurs?

Ten wprowadzający kurs skierowany jest do każdego, kto chce się dowiedzieć, jak analizować dane ChIP-Seq pod kątem konkretnych pytań biologicznych. Kurs jest dostosowany do osób prowadzących badania w dziedzinach biotechnologii, biologii molekularnej, bioinformatyki i innych nauk biologicznych.

Oczekiwane Efekty

Po ukończeniu kursu uczestnicy powinni posiadać wiedzę o podstawowych źródłach danych ChIP-Seq oraz ChIP-exo i formatach danych wykorzystywanych powszechnie w trakcie analiz. Uczestnicy powinni umieć samodzielnie wykonać analizę polegającą na wykrywaniu miejsc interakcji DNA i białek, w tym czynników transkrypcyjnych i histonów, a także potrafić wyszukiwać motywy charakterystyczne dla tychże stref wiązania. Zwrócimy szczególną uwagę na wizualizację danych w przeglądarce genomowej, interpretację wyników i radzenie sobie z problemami często spotykanymi podczas analizy tego rodzaju danych.

Tak, Ty też możesz wziąć udział!

Doświadczenie programistyczne nie jest wymagane do wzięcia udziału w szkoleniu. Posiadanie wiedzy o analizie danych NGS nie jest konieczne, jest jednak zalecane by uczestnicy posiadali podstawową wiedzę z zakresu biologii molekularnej.

Informacje organizacyjne

Wymagane jest posiadanie komputera z systemem Windows, Linux lub Mac OS posiadającego dostęp do internetu. Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.