Kurs stanowi wprowadzenie do tematyki związanej z analizą danych transkryptomicznych na poziomie pojedynczej komórki (single-cell RNA-Seq). Pozwala on na zapoznanie się z najważniejszemu krokami analizy, powszechnie stosowanymi potokami analitycznymi i możliwymi zastosowaniami. W trakcie kursu poruszone zostaną zagadnienia generowania surowych danych, kontroli ich jakości, etykietowania komórek, szacowania ekspresji genów i analizy różnicowej.

Tematyka

- Krótkie wprowadzanie do tematu sekwencjonowania pojedynczych komórek (technologia 10X Genomics); formaty danych scRNA-seq
- Krótkie wprowadzenie do systemu operacyjnego Linux.
- Kontrola jakości danych
- Mapowanie odczytów, obliczanie poziomu ekspresji genów
- Etykietowanie komórek na podstawie genów markerowych i charakterystycznych profili ekspresji (manualne i automatyczne)
- Analiza ekspresji różnicowej wraz z tworzeniem wykresów diagnostycznych
- Wizualizacja otrzymanych wyników w formie gotowej do wykorzystania w publikacjach naukowych

Dla kogo przeznaczony jest ten kurs?

Ten wprowadzający kurs skierowany jest do każdego, kto chce się dowiedzieć jak radzić sobie z zestawami danych pochodzących z jednej z najnowszych metody sekwencjonowania nowej generacji, tj.. sekwencjonowania pojedynczych komórek (scRNA-Seq) i poszerzać wiedzę o istotnych aspektach tego zagadnienia. Kurs jest przygotowany pod kątem osób prowadzących badania w dziedzinach biotechnologii, biologii molekularnej, bioinformatyki i innych nauk biologicznych.

Oczekiwane efekty

Po ukończeniu kursu uczestnicy powinni posiadać wiedzę o źródłach danych single-cell RNA-Seq, formatach danych, być w stanie wykonać analizę jakości tych danych, mapowanie do sekwencji referencyjnej, ocenę wartości ekspresji genów i wykonać analizę ekspresji różnicowej włącznie z interpretacją otrzymanych wyników. Uczestnicy będą w stanie wykorzystać poznane potoki analityczne we własnych projektach. Duża uwaga zwrócona będzie na wizualizację danych, tworzenie wykresów, interpretację wyników i radzenie sobie z często spotykanymi problemami podczas analizy.

Tak, Ty też możesz wziąć udział!

Doświadczenie programistyczne nie jest wymagane do wzięcia udziału w szkoleniu. Posiadanie wiedzy o analizie danych NGS nie jest konieczne, jest jednak zalecane by uczestnicy posiadali podstawową wiedzę z zakresu biologii molekularnej, to znaczy rozumieli takie pojęcia jak transkryptom, ekspresja genów itp.

Informacje organizacyjne

Kurs odbędzie się w formie webinarium. Wymagane jest posiadanie komputera z systemem Windows, Linux lub Mac OS posiadającego dostęp do internetu. Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.