Uczestnicy szkolenia poznają istniejące źródła danych NGS, formaty danych, sposoby manipulacji tymi danymi (analiza jakości, wycinanie adapterów etc.) oraz mapowania ich do genomu przy zastosowaniu różnych narzędzi i w różnych scenariuszach reprezentujących najpopularniejsze podejścia w biologii. Ten kurs skierowany jest do osób, które chcą rozpocząć pracę nad własną analizą zestawów danych NGS.

Tematyka

1. Wprowadzenie do NGS - gdzie i w jaki sposób przechowywane są dane: bazy danych i formaty danych NGS.
2. Krótkie wprowadzenie do systemu operacyjnego Linux.
3. Kontrola jakości i przetwarzanie danych NGS (FastQC, FASTX Toolkit, Trimmomatic).
4. Mapowanie odczytów - Pospolity krok w niemal wszystkich zastosowaniach danych NGS. Mapowanie krótkich odczytów będzie wykonane na przykładzie danych pochodzących z technologii DNA-Seq (Bowtie, BWA) i RNA-Seq (Tophat, STAR). Zestaw ćwiczeń zademonstruje wykorzystanie różnych narzędzi i strategii - ich zalety oraz wady.
5. Obróbka wyników mapowania oraz wykorzystanie ich w konkretnej aplikacji bioinformatycznej (składanie transkryptomu,wykrywanie nowych genów i form splicingowych).
6. Możliwość dyskusji na tematy związane z sekwencjonowaniem wysokoprzepustowym.

Dla kogo przeznaczony jest ten kurs?

Ten wprowadzający kurs skierowany jest do osób chcących zrozumieć podstawy manipulacji uzyskanymi danymi i analizy danych NGS. Oferta skierowana jest szczególnie do osób, które planują rozpocząć swój własny projekt NGS.

Oczekiwane efekty

Po ukończeniu szkolenia uczestnicy powinni być w stanie wykonać przeszukiwanie publicznych baz danych NGS, manipulować odczytami NGS (wycinanie adapterów etc.), ocenić odczyty pod kątem jakości i zmapować odczyty do genomu lub transkryptomu. Te kroki postępowania można odnaleźć niemal we wszystkich aplikacjach NGS. Szczególna uwaga zwrócona będzie na interpretację uzyskanych wyników i prezentację rozwiązań często pojawiających się problemów.

Tak, Ty też możesz wziąć udział!

Doświadczenie programistyczne i wcześniej zdobyta wiedza o sekwencjonowaniu NGS nie są wymagane do wzięcia udziału w szkoleniu. Zaleca się, aby uczestnicy szkolenia znali podstawowe pojęcia z dziedziny biologii molekularnej, takie jak definicja transkryptu czy splicingu.

Informacje Organizacyjne

Kurs odbędzie się w formie webinarium. Wymagane jest posiadanie komputera z systemem Windows, Linux lub Mac OS posiadającego dostęp do internetu. Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.