Uwaga: kurs odbędzie się 31.05-01.06.2025

Kurs zawiera wprowadzenie do technik spektrometrii mas, głównie nastawionych na badania białek. Przeznaczony jest w szczególności dla osób, które chciałyby samodzielnie zaplanować badania z zastosowaniem tej techniki, jak również przeprowadzić analizę uzyskanych danych. Początek kursu obejmuje wstęp teoretyczny do techniki oraz istotne aspekty niezbędne do zaplanowania eksperymentu. Kolejne części obejmują teorię i praktykę analizy danych pochodzących z typowych eksperymentów nastawionych na identyfikację oraz oznaczenie ilościowe białek. Dodatkowo, omówione są zastosowania spektrometrii mas w analizie biochemicznej białek – pomiar masy całkowitej cząsteczki białka oraz analiza struktury kompleksu z zastosowaniem sieciowania, wraz z praktycznymi przykładami.

Tematyka

1. Wstęp – zastosowania spektrometrii mas, ze szczególnym uwzględnieniem badania białek. Co daje nam spektrometria mas?
2. Co mierzy spektrometr mas? – Wygląd przykładowego widma MS i widma fragmentacyjnego.
Ćwiczenie - omówienie wyglądu i zawartości widma MS1 oraz widma fragmentacyjnego.
4. Budowa spektrometru mas, proces jonizacji i dlaczego uniemożliwia on prosty pomiar absolutnej ilości substancji (ESI oraz MALDI).
6. Spektrometr mas jako detektor chromatografu – LC/MS.
7. Wprowadzenie do prostego eksperymentu proteomicznego:
a) Eksperyment nastawiony na identyfikację – istotne czynniki
b) Eksperyment nastawiony na oznaczenie ilościowe – istotne czynniki.
c) Techniki przygotowania próbek.
8. Proces zbierania danych w eksperymencie DDA – struktura danych
Ćwiczenie – przeglądanie surowych danych LC/MS.
9. Identyfikacja peptydów z widma fragmentacyjnego - wstęp teoretyczny.
10. Baza danych sekwencji białkowych UniProt i inne.
Ćwiczenia:
- Przeprowadzenie przeszukiwania i identyfikacji białek z pliku danych:
PeptideShaker
- Interpretacja wyników identyfikacji białek.
- Prosta analiza ilościowa danych DDA: FragPipe + Ionquant.
- Prosta analiza wyników oznaczenia ilościowego: Perseus.
- Ocena jakości oznaczenia ilościowego: wstępna walidacja wyniku.
11. Bezznacznikowa analiza ilościowa DIA – struktura danych i techniki analizy
Ćwiczenia:
- Przygotowanie biblioteki widm fragmentacyjnych - FragPipe
- Automatyczna analiza danych DIA – DIA-NN
- Przygotowanie rezultatów do dalszej analizy (R Studio diann-r, msqrob)
- Analiza wyników oznaczenia ilościowego w technice DIA: Perseus.
- Wstępna walidacja wyniku – Perseus
- Przeglądanie i walidacja na poziomie surowych danych DIA – Skyline
12. Analizy LC/MS w biochemii białek – oznaczenie masy całego białka
Ćwiczenie – Interpretacja widma masowego całego białka - UniDec
13. Analizy LC/MS w biochemii białek – crosslinking MS
Ćwiczenie – Analiza crosslinking-MS kompleksu białkowego

Tak, Ty też możesz wziąć udział!

Doświadczenie programistyczne i wcześniej zdobyta wiedza o analizie danych i peptydów nie jest wymagana do wzięcia udziału w szkoleniu. Zaleca się, aby uczestnicy szkolenia znali podstawowe pojęcia z dziedziny biologii molekularnej.

Informacje Organizacyjne

Kurs odbędzie się w formie webinarium. Wymagane jest posiadanie komputera z systemem Windows, Linux lub Mac OS posiadającego dostęp do internetu. Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.