Ten kurs stanowi kompletny, praktyczny przewodnik po analizie danych sekwencjonowania krótkich RNA (small RNA-Seq), ze szczególnym uwzględnieniem mikroRNA (miRNA). Pozwala on na przejście całej ścieżki analitycznej: od surowych odczytów z sekwencatora, przez kontrolę jakości i obróbkę, aż po wykrycie miRNA o zmienionej ekspresji.
W trakcie zajęć zrealizujemy projekt badawczy oparty o analizę wpływu hipoksji (niedoboru tlenu) na profil ekspresji mikroRNA w modelu raka płuc (linia komórkowa A549). Pozwoli to na praktyczne zastosowanie poznanych narzędzi w kontekście konkretnego problemu biologicznego.

Tematyka
• Wprowadzenie do środowiska Linux Nawet jeśli nigdy nie używałeś/aś konsoli, wprowadzimy Cię w podstawy nawigacji, operacji na plikach i zarządzania katalogami, niezbędne do pracy z danymi NGS.
• Pozyskiwanie i kontrola jakości danych Nauczysz się pobierać dane z publicznych repozytoriów (SRA) oraz oceniać ich jakość przy użyciu narzędzia FastQC. Dowiesz się, jak interpretować wyniki specyficzne dla small RNA.
• Czyszczenie i obróbka danych Poznasz nowoczesne narzędzie fastp służące do usuwania sekwencji adaptorów i filtrowania odczytów o niskiej jakości – co jest kluczowym krokiem w analizie krótkich cząsteczek RNA.
• Mapowanie i adnotacja Przeprowadzimy mapowanie odczytów przy użyciu narzędzia Bowtie oraz wykorzystamy bazę miRBase do identyfikacji znanych mikroRNA.
• Analiza ekspresji różnicowej Wykonamy analizę statystyczną mającą na celu znalezienie mikroRNA, których poziom zmienia się w komórkach nowotworowych pod wpływem stresu tlenowego.

Dla kogo przeznaczony jest ten kurs?
Ten warsztat skierowany jest do biologów, biotechnologów, doktorantów i badaczy, którzy planują lub już prowadzą eksperymenty z wykorzystaniem small RNA-Seq/miRNA-Seq. Jest to kurs dla początkujących, idealny dla osób, które chcą zdobyć niezależność w analizie swoich danych, a nie posiadają wcześniejszego doświadczenia bioinformatycznego.

Oczekiwane efekty
Po ukończeniu kursu uczestnicy będą potrafili samodzielnie przeprowadzić podstawową analizę danych small RNA-Seq w środowisku Linux. Zdobędą umiejętność obsługi kluczowych formatów plików (FASTQ, SAM/BAM), rozumienia raportów jakości (QC) oraz wykonania mapowania do sekwencji referencyjnych. Uczestnicy będą w stanie zidentyfikować mikroRNA o zmienionej ekspresji i zinterpretować wyniki w kontekście biologicznego problemu badawczego.

Tak, Ty też możesz wziąć udział!
Doświadczenie programistyczne nie jest wymagane. Kurs zaczynamy od podstaw Linuxa. Zalecane jest jedynie posiadanie podstawowej wiedzy z zakresu biologii molekularnej (rozumienie pojęć takich jak transkrypcja, mikroRNA, genom, komplementarność zasad).

Informacje organizacyjne
Kurs odbędzie się w formie webinarium i trwa 5 godzin (z niewielkimi przerwami). Wymagane jest posiadanie komputera z systemem Windows, Linux lub Mac OS posiadającego dostęp do internetu. Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku zapisu mniej niż 5 uczestników.