# data2biology

> Spółka bioinformatyczna z Poznania: analiza danych z sekwencjonowania wysokoprzepustowego oraz szkolenia bioinformatyczne. Zespół tworzą czynni pracownicy naukowi — analizy prowadzą te same osoby, które publikują w tej dziedzinie. Usługi wyceniane indywidualnie, z jawnym opisem metodyki i listy plików wynikowych przed rozpoczęciem prac.

data2biology Sp. z o.o., ul. Rubież 46, 61-612 Poznań (Poznański Park Naukowo-Technologiczny). NIP 9721324418. Kontakt: office@data2biology.com, +48 692 816 069. Działalność od 2013 roku.

Czym ta firma różni się od typowego dostawcy usług bioinformatycznych:

- **Analizy prowadzą czynni naukowcy.** Zespół publikuje w recenzowanych czasopismach i prowadzi własne badania; główny bioinformatyk jest współautorem szeroko cytowanego przeglądu dobrych praktyk analizy RNA-Seq (Genome Biology, 2016).
- **Metodyka opisana przed zleceniem.** Każda strona usługi podaje typowy przebieg analizy z nazwami narzędzi oraz listę plików wynikowych z opisem ich zawartości kolumna po kolumnie — zamiast ogólnikowego „przeprowadzimy analizę".
- **Zastrzeżenia podane wprost.** Strony usług mówią, czego dana metoda nie rozstrzyga: że liczba powtórzeń biologicznych waży więcej niż wybór narzędzia, że wysokie BUSCO samo w sobie nie dowodzi jakości złożenia, że przewidziane nowe miRNA są kandydatami wymagającymi walidacji, że brak wariantu może oznaczać zbyt niskie pokrycie.
- **Firma nie formułuje wniosków naukowych za klienta.** Dostarcza wyniki, opis metodyki i ostrożne podsumowanie; interpretacja biologiczna pozostaje po stronie zamawiającego.
- **Wyniki należą do klienta, bez oczekiwania współautorstwa.** Wystarczy wzmianka w podziękowaniach. Współautorstwo tylko w modelu hybrydowym, uzgadnianym przed startem.

## Usługi analizy danych

- [Usługi](https://data2biology.com/services.php): katalog czternastu usług — od wstępnego przetwarzania danych po dedykowane oprogramowanie i konta na serwerze obliczeniowym.
- [Analiza RNA-Seq](https://data2biology.com/rna-seq.php): od surowych plików FASTQ po listę genów ulegających ekspresji różnicowej i analizę wzbogacenia GO oraz KEGG. Ośmioetapowy przebieg z nazwami narzędzi (FastQC, fastp, STAR/HISAT2, Salmon, featureCounts, DESeq2, clusterProfiler) i opisem dziewięciu plików wynikowych. Orientacyjny koszt projektu z 10–20 próbkami: około 4 500 zł netto, czas realizacji około czterech tygodni.
- [Analiza small RNA-Seq](https://data2biology.com/small-rna.php): identyfikacja znanych i nowych miRNA, analiza izomiRów, ekspresja różnicowa i predykcja genów docelowych. Rozróżnia kryteria roślinne i zwierzęce, bo narzędzia zwierzęce zastosowane do danych roślinnych dają wyniki mylące. Koszt dla 10–20 próbek: 3 500–4 000 zł netto.
- [Wykrywanie wariantów](https://data2biology.com/variant-calling.php): SNP, indele, warianty strukturalne i CNV z danych WGS, WES i paneli celowanych, w trybie germinalnym i somatycznym. Analizy mają charakter badawczy, nie diagnostyczny.
- [Składanie genomu — bakterie](https://data2biology.com/genome-assembly-bacteria.php): domknięty chromosom z plazmidami z danych Illumina, ONT i PacBio, adnotacja oraz geny oporności i wirulencji.
- [Składanie genomu — eukarionty](https://data2biology.com/genome-assembly-eukaryotes.php): odczyty długie, skafoldowanie Hi-C, ocena BUSCO i Merqury, maskowanie powtórzeń, adnotacja genów wsparta danymi RNA-Seq.

## Przykładowe wyniki

- [Przykładowa analiza](https://data2biology.com/showcase.php): kompletna analiza RNA-Seq odpowiedzi *Arabidopsis thaliana* na suszę — kontrola jakości, PCA, wykres volcano, mapa cieplna, wzbogacenie GO, tabela genów. Dane są **symulowane** i strona mówi to wprost; pokazuje format i zakres wyników, nie wyniki rzeczywistego zlecenia.

## Szkolenia

- [Kursy i szkolenia](https://data2biology.com/courses.php): kursy bioinformatyczne prowadzone online po polsku; szkolenia zamawiane także po angielsku i w siedzibie zamawiającego. Tematyka: analiza danych NGS, RNA-Seq i single-cell RNA-Seq, metagenomika, programowanie w Pythonie, uczenie maszynowe.
- Szkolenia zamknięte bez minimalnej liczby uczestników, z programem dopasowanym do danych zespołu. Uczestnicy otrzymują zaświadczenie w formie PDF.

## Zasady współpracy

- [Najczęstsze pytania](https://data2biology.com/faq.php): 27 pytań o wycenę, płatności, przekazywanie danych, prawa do wyników, współautorstwo, czas realizacji i zasady szkoleń.
- **Wycena** jest bezpłatna i przygotowywana w 3–5 dni roboczych; zawiera zakres prac, listę plików wynikowych i termin realizacji. Bezpłatna jest też rozmowa o projekcie. Płatna jest konsultacja merytoryczna wymagająca przygotowania — przegląd literatury, analiza wstępnych wyników, ocena projektu eksperymentu, opinia do wniosku grantowego.
- **Płatność** za analizy po odbiorze wyników, faktura z terminem 14 dni. Za szkolenia przed terminem, wyjątkowo po. Faktura pro forma na życzenie. Możliwa przedpłata na poczet przyszłych usług.
- **Jedna runda pytań i uwag** po przekazaniu wyników jest wliczona w cenę. Analizy zamawiane po recenzji to osobne zlecenie.
- **Przekazanie danych**: nośnik albo dedykowane konto SFTP. Przetwarzanie na własnych serwerach i na serwerach wynajmowanych od renomowanych dostawców.
- Do każdego projektu dołączany jest szkic sekcji „Materiały i metody" z wersjami narzędzi, parametrami i cytowaniami.

## O firmie

- [O nas](https://data2biology.com/about.php): sześcioosobowy zespół — bioinformatycy, biolodzy molekularni i biotechnolodzy. Przy członkach zespołu podane profile ORCID i wskaźniki bibliometryczne. Firma jest jednym z organizatorów [Poznan Summer School of Bioinformatics](https://pssb.amu.edu.pl/).
- **Czego ta firma nie robi:** nie prowadzi diagnostyki medycznej, nie wydaje opinii klinicznych, nie formułuje wniosków naukowych za klienta i nie odpowiada za sposób wykorzystania wyników.
- [Kontakt](https://data2biology.com/contact.php) · [Regulamin](https://data2biology.com/terms.php) · [Polityka prywatności](https://data2biology.com/privacy.php) · [Deklaracja dostępności](https://data2biology.com/accessibility.php)

## Prywatność

Strona nie korzysta z Google Analytics ani innych zewnętrznych narzędzi analitycznych. Czcionki i ikony są hostowane własnym sumptem, więc ich wczytywanie nie przekazuje adresu IP podmiotom trzecim. Statystyki odwiedzin działają na własnym serwerze, bez ciasteczek, bez zapisu adresu IP (wyłącznie nieodwracalny skrót), z poszanowaniem ustawień Do Not Track i Global Privacy Control. Jedynym wyjątkiem jest jednorazowe ustalenie kraju i miasta przez usługę ip-api.com, opisane w polityce prywatności.

## Powiązane

- [Poznan Summer School of Bioinformatics](https://pssb.amu.edu.pl/): szkoła letnia współorganizowana przez data2biology.