Analiza filogenetyczna

Tematyka

Podczas warsztatów uczestnicy zapoznają się z poszczególnymi etapami analizy filogenetycznej, zaczynając od pozyskania danych, poprzez zbudowanie, ocenę oraz interpretację drzewa filogenetycznego, aż po wizualizację wyników. Uczestnicy szkolenia uzyskają wiedzę z zakresu praktycznych aspektów analizy filogenetycznej, a w trakcie kursu zostaną zrealizowane ćwiczenia pozwalające utrwalić nabyte umiejętności.

• Wprowadzenie do analizy filogenetycznej (wybór markera, przyrównanie sekwencji, przeszukiwanie baz danych, wybór modelu substytucji nukleotydowej).


• Stosowane formaty danych i narzędzia używane w analizach filogenetycznych.


• Wybór algorytmów do budowy drzew filogenetycznych (UPGMA, Neighbor-Joining, Maximum Likelihood, Maksymalna Parsymonia, wnioskowanie bayesowskie).


• Ocena wiarygodności i interpretacja otrzymanych wyników.


• Wizualizacja wyników.


• Zastosowanie sieci filogenetycznych w analizie blisko spokrewnionych taksonów.

Dla kogo przeznaczony jest ten kurs?

Kurs pozwoli na usystematyzowanie oraz pogłębienie wiedzy z filogenetyki, a także pomoże w zaplanowaniu własnych analiz. Szkolenie skierowane jest zarówno do osób zamierzających prowadzić badania w oparciu o sekwencje DNA, jak również zainteresowanych klasycznymi analizami kladystycznymi.

Oczekiwane efekty

Po ukończeniu kursu uczestnicy powinni posiadać podstawową wiedzę i umiejętności z zakresu filogenetyki, jak dobór metody analizy odpowiedniej do posiadanych danych, interpretacja drzew filogenetycznych czy korzystanie z tematycznych baz danych. Po ukończeniu szkolenia uczestnicy powinni być zdolni do samodzielnego przyrównania sekwencji DNA i wykonania serii kroków prowadzących od danych wejściowych do zwizualizowania wynikowego drzewa filogenetycznego.

Tak, Ty też możesz wziąć udział!

Kurs skierowany jest do każdego zainteresowanego analizą filogenetyczną, a doświadczenie w jego tematyce nie jest wymagane by wziąć udział.

Informacje Organizacyjne

Kurs odbędzie się w formie webinarium. Wymagane jest posiadanie komputera z systemem Windows, Linux lub Mac OS posiadającego dostęp do Internetu. Organizator zastrzega sobie prawo do odwołania kursu nie później niż na dwa tygodnie przed datą jego rozpoczęcia w przypadku mniej niż 5 uczestników.