Co możemy dla Ciebie zrobić

From data to biology. Profesjonalna analiza danych biologicznych.

Pierwsze spotkanie
Omówienie projektu
Analiza danych
Przetwarzanie i wizualizacja
Przekazanie wyników
Raport i pliki
Runda uwag
Pytania po przekazaniu

Analiza danych i tworzenie oprogramowania

Oferujemy szeroki wachlarz usług bioinformatycznych dla organizmów modelowych i niemodelowych

Analiza NGS

Wstępne przetwarzanie danych

Sprawdzamy jakość surowych odczytów i przygotowujemy je do dalszych analiz.

Zobacz etapy i wyniki → RNA-Seq

Analiza ekspresji

Szacujemy ekspresję genów i transkryptów, a następnie porównujemy ją między warunkami.

Szczegóły usługi → RNA-Seq

Składanie transkryptomu ab initio

Składamy transkryptom w oparciu o genom referencyjny, żeby wykryć nowe geny i izoformy splicingowe. Na życzenie wykonujemy też adnotację złożonego transkryptomu.

Zobacz etapy i wyniki → RNA-Seq

Składanie transkryptomu de novo

Składamy transkryptom bez genomu referencyjnego, więc analiza nie wymaga sekwencji genomu. Na życzenie dokładamy adnotację: identyfikację białek homologicznych i długich niekodujących RNA.

 Adnotacja

Adnotacja transkryptomu

Rozpoznajemy geny kodujące białka i ncRNA, przypisujemy im terminy GO oraz szlaki KEGG i identyfikujemy domeny.

Zobacz etapy i wyniki → Small RNA

Analiza small RNA

Identyfikujemy i kwantyfikujemy miRNA oraz siRNA, a także przewidujemy ich geny docelowe.

Szczegóły usługi → Proteomika

Proteomika i peptydomika

Analizujemy dane ze spektrometrii mas — od wsparcia przy przygotowaniu próbek po interpretację biologiczną.

Zobacz etapy i wyniki → Genomika

Wykrywanie wariantów genomowych

Wykrywamy SNP, krótkie indele i warianty strukturalne w danych z sekwencjonowania.

Szczegóły usługi → Genomika

Składanie genomu de novo — bakterie

Składamy i adnotujemy genomy bakteryjne, dochodząc do zamkniętego chromosomu z plazmidami oraz wykrywając geny oporności i wirulencji.

Szczegóły usługi → Genomika

Składanie genomu de novo — eukarionty

Składamy genomy roślin, zwierząt i grzybów z odczytów długich, porządkujemy je danymi Hi-C i adnotujemy geny z pomocą danych RNA-Seq.

Szczegóły usługi → Inne NGS

Inne analizy NGS

Analizujemy dane ChIP-Seq, badamy edycję RNA i alternatywny splicing, a także deponujemy dane w repozytoriach publicznych.

Zobacz etapy i wyniki → Infrastruktura

Konto na serwerze Linux

Udostępniamy gotowe środowisko obliczeniowe z zainstalowanym oprogramowaniem, jeśli wolisz analizować dane samodzielnie.

Zobacz etapy i wyniki → Infrastruktura

Oprogramowanie i bazy danych na zamówienie

Budujemy dedykowane pipeline’y, aplikacje webowe i biologiczne bazy danych pod konkretny projekt badawczy.

Zobacz etapy i wyniki → Projektowanie

Projektowanie starterów i sond

Projektujemy startery PCR/qPCR i sondy na zamówienie, wraz z walidacją ich specyficzności.

Chcesz omówić projekt?

Napisz, nad czym pracujesz. Rozmowa o projekcie i wycena są bezpłatne, a my pomożemy Ci dobrać właściwą analizę.

Skontaktuj się